Первоначально, в ХVI веке, здесь была построена деревянная церковь. Каменный храм Рождества Пресвятой Богородицы с колокольней в селе Капотне Московской губернии возводился в 1870-х годах (по другим данным, с 1860-й по 1890 год) на средства благотворителей.
В 1938 году богослужения в храме были прекращены, здание использовалось под склад, также к нему были сделаны пристройки. В 1991 году храм возвращен Русской Православной Церкви, возобновлены богослужения.
В соответствии с распоряжением Департамента городского имущества города Москвы от 16 апреля 2018 года № 11584 в собственность местной религиозной организации «Православный приход храма Рождества Пресвятой Богородицы в Капотне гор. Москвы Московской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)» передан объект культурного наследия регионального значения «Храм , 1860-1870-е гг.», расположенный по адресу: 1-й Капотнинский пр., д. 10.
Главный престол посвящен Рождеству Пресвятой Богородицы. Приделы: Боголюбской иконы Божией Матери (левый) и святителя Николая Чудотворца (ранее — иконы Божией Матери «Взыскание погибших»), приставной (справа) — святителя Леонтия Ростовского.
Святыни: особо чтимые иконы Божией Матери «Взыскание погибших» и икона Божией Матери «Боголюбская».
